RocketDockとかのランチャーで64bitアプリのショートカットを登録すると、「C:\Program Files\」の指定を「Program Files (x86)」と変換する様で、きちんと起動されなくなります。
RocketDockの場合、アイコンの設定で対象を書き換えればよいのですが、StackDockletの場合はそういうわけにいきません。
で、応急処置として以下のようにショートカットのリンク先を編集すると、32bitランチャーでも使える様になります。

"C:\Program Files\appname\64bitapp.exe"
  ↓
explorer "C:\Program Files\appname\64bitapp.exe"

RocketDockのインストールフォルダのプロパティでセキュリティ設定でユーザ個人アカウントを追加してフルコントロールにしておく。